Atvinnuvega- og nýsköpunarráðuneytið fer með málefni er varða fiskeldi, fiskrækt og skeldýrarækt, þar á meðal er:
- Eldi hvers konar nytjastofna í sjó eða ferskvatni, skipulag og eftirlit með því.
- Veiði í ám og vötnum, fiskrækt, eftirlit og önnur veiðimál, þ.m.t. Fiskræktarsjóð.
- Inn- og útflutning seiða og erfðaefnis.
- Stuðning við rannsóknir, þróun og nýsköpun í fiskeldi og fiskrækt.
Ráðuneytið setur umgjörð um greinina með setningu laga og reglugerða. Einnig hefur ráðuneytið gefið út skýrslur sem er að finna neðst á síðunni.
Matvælastofnun
Matvælastofnun fer með úthlutun rekstrarleyfa til fiskeldisfyrirtækja skv. lögum nr. 71/2008 um fiskeldi og eftirliti með heilbrigði og velferð dýra. Stofnunin gefur einnig út ræktunarleyfi til skeldýraræktenda skv. lögum nr. 90/2011 um skeldýrarækt. Á vefsíðu Matvælastofnunar er yfirlit yfir öll fiskeldisfyrirtæki sem hafa rekstrarleyfi.
Umhverfisstofnun
Umhverfisstofnun er með starfsleyfisveitingar til lagareldisfyrirtækja og eftirlit með fiskeldi og er að finna lista yfir útgefin starfsleyfi á vef stofnunarinnar.
Fiskistofa
Fiskistofa annast stjórnsýslu og eftirlit ásamt því að safna og miðla upplýsingum um lax- og silungsveiðar. Stofnunin kemur m.a. að málum ef laxfiskar slepp úr eldisstöð.
Skýrslur gefnar út af ráðuneytinu
- Sjókvíaeldi Lagaframkvæmd, stjórnsýsla og eftirlit. Matvælaráðuneytið (2023)
- Staða og framtíð lagareldis á Íslandi Matvælaráðuneytið (2023)
- Skýrsla starfshóps sjávarútvegs- og landbúnaðarráðherra um stefnumótun í fiskeldi. Atvinnu- og nýsköpunarráðuneyti (2017).
- Skýrsla nefndar um leyfisveitingar og eftirlit í fiskeldi. Atvinnu- og nýsköpunarráðuneyti (2014).
- Staða bleikjueldis og framtíðarhorfur. Sjávarútvegs- og landbúnaðarráðuneytið (2009)
- Skýrsla nefndar skipuð af sjávarútvegsráðherra til að meta stöðu og möguleika kræklingaræktar á Íslandi.Sjávarútvegs og landbúnaðarráuneytið. 23 bls. (2008)