Í fiskeldi er fóðurkostnaður stærsti kostnaðarliðurinn. Fiskeldisfyrirtækin hafa keypt fóður bæði frá innlendun og erlendum fóðurframleiðendum. Tvær litlar fóðurverksmiðjur eru á Íslandi, Fóðurverksmiðjan Laxá og Fóðurblandan. Ekkert fóður þarf í ræktun skeldýra og þörunga.
Fóðurverksmiðjan Laxá
Laxá rekur á Akureyri sérhæfða verksmiðju til framleiðslu á hágæða fiskeldisfóðri og er afkastagetan 15.000 tonn árlega. Markmiðið er að framleiða og selja fiskeldisfóður á innlendum markaði og til útflutnings.
Fóðurblandan
Fóðurblandan framleiðir fjölmargar tegundur af dýrafóðri þ.m.t. fiskafóður. Verksmiðja fyrirtækisins er staðsett í Reykjavík.